Die Bezeichnung ergab sich aus der Existenz der ehemaligen Wassermühle am Weg, die ihren Antrieb durch Wasser der Heiligenloher Beeke erhielt. Schon seit etwa 1930 erfüllt die Mühle, die bereits im 14. Jahrhundert erwähnt wurde, nicht mehr ihre Funktion.
1976 übernahmen Jugendliche Gebäude und Gelände und gestalteten es zu einem Jugendtreffpunkt um. Um die Aktivitäten des Vereins der Freunde und Förderer der Jugendarbeit in der Mühle Heiligenloh e.V. ist es still geworden.
An der Henkemühle ist Teil des früheren Kirchwegs der Ellinghäuser und Borweder. Andernorts kennt man „Hengemühle“. Mittelniederdeutsch „henge (henk)“ wird als die „Hänge“ erklärt, woran man etwas an- oder aufhängt. Der Name ist möglicherweise dahingehend zu deuten, dass ein bearbeiteter, horizontal liegender Baumstamm das Wasserrad trug.
